Sklepy internetowe nie zawsze nadają się jako platforma handlu elektornicznego. Często specyfika firmy wymaga niestandardowych rozwiązań. Wtedy tworzy się systemy dedykowane. Takie oprogramowanie pozwala na szczegółową realizację konkretnych wymagań klienta. System e-handlu może być zintegrowany z innymi systemami wewnętrznymi. Przykłady: system aukcji internetowych, pralnia z odbiorem i dowozem rzeczy, hurtownia dostępna tylko dla partnetów handlowych, system przyjmowania i rozliczania zleceń serwisowych. Tworzenie takiego systemu zazwyczaj odbywa się w kilku etapach:
- Zebranie i analiza wymagań klienta
- Stworzenie prototypu systemu
- Projektowanie systemu
- Implementacja
- Wdrożenie